ریاست دانشکدگان
این حوزه سیاست گذاری کلی مجموعه را در زمینه‌های پژوهشی، آموزشی، اداری، پشتیبانی، دانشجویی، فرهنگی و… بر عهده دارد. تصمیم‌های این حوزه از طریق شوراهای متعددی اخذ و برای اجرا به معاونت‌ها و واحدهای زیرمجموعه حوزه ریاست پردیس ابلاغ می‌گردد.
معاونت‌های دانشکدگان نیز تصمیمات را برای اجرا به واحدهای میانی سازمان ابلاغ می‌کنند. بر اساس ماده یک آئین‌نامه مدیریت دانشکدگان های دانشگاه تهران، مورخ ۲۶/۱۲/۸۳ ارکان پردیس عبارت‌اند از: هیأت رئیسه دانشکدگان و شورای دانشکدگان. در حال حاضر تصمیمات حوزه ریاست دانشکدگان در قالب هیأت رئیسه، شورای دانشکدگان، شورای اداری و مالی، شورای آموزشی، شورای فرهنگی، شورای عمرانی، شورای پژوهشی و… شکل می‌گیرد. بر اساس ماده ۶ آئین‌نامه مذکور، شورای دانشکدگان عالی‌ترین مرجع سیاست گذاری در امور آموزشی، پژوهشی و خط مشی‌های اجرایی است.
پردیس فارابی در آغاز تأسیس ساختار هیأت امنایی داشته است. نخستین رئیس هیأت امنا مرحوم زین‌العابدین رهنما و نخستین رئیس دانشکدگان مرحوم دکتر محمدحسین ضیایی بیگدلی (بنیان گذار این مجموعه دانشگاهی) بوده‌اند.
در حال حاضر جناب آقای دکتر حمید زارع، ریاست این مجموعه دانشگاهی را بر عهده دارد. وی از دی ماه 1400 طی حکمی از سوی رئیس دانشگاه تهران به این سمت منصوب شده است. آقای دکتر زارع، دارای مدرک دانشگاهی دکترای مدیریت و رتبه علمی ایشان دانشیار است.
دفتر ریاست
این دفتر نقش هماهنگی برنامه‌های حوزه ریاست، مانند تشکیل جلسات و ارتباط متقابل مدیریت سازمان با دیگران را داراست.
مسئول دفتر حوزه ریاست: حسین جعفرپور