ریاست پردیس
این حوزه سیاست گذاری کلی مجموعه را در زمینه‌های پژوهشی، آموزشی، اداری، پشتیبانی، دانشجویی، فرهنگی و… بر عهده دارد. تصمیم‌های این حوزه از طریق شوراهای متعددی اخذ و برای اجرا به معاونت‌ها و واحدهای زیرمجموعه حوزه ریاست پردیس ابلاغ می‌گردد.
معاونت‌های پردیس نیز تصمیمات را برای اجرا به واحدهای میانی سازمان ابلاغ می‌کنند. بر اساس ماده یک آئین‌نامه مدیریت پردیس‌های دانشگاه تهران، مورخ ۲۶/۱۲/۸۳ ارکان پردیس عبارت‌اند از: هیأت رئیسه پردیس و شورای پردیس. در حال حاضر تصمیمات حوزه ریاست پردیس در قالب هیأت رئیسه، شورای پردیس، شورای اداری و مالی، شورای آموزشی، شورای فرهنگی، شورای عمرانی، شورای پژوهشی و… شکل می‌گیرد. بر اساس ماده ۶ آئین‌نامه مذکور، شورای پردیس عالی‌ترین مرجع سیاست گذاری در امور آموزشی، پژوهشی و خط مشی‌های اجرایی است.
پردیس فارابی در آغاز تأسیس ساختار هیأت امنایی داشته است. نخستین رئیس هیأت امنا مرحوم زین‌العابدین رهنما و نخستین رئیس پردیس مرحوم دکتر محمدحسین ضیایی بیگدلی (بنیان گذار این مجموعه دانشگاهی) بوده‌اند.
در حال حاضر جناب آقای دکتر علیرضا محمدرضایی، ریاست این مجموعه دانشگاهی را بر عهده دارد. وی از فروردین ماه ۱۳۹۸ طی حکمی از سوی رئیس دانشگاه تهران به این سمت منصوب شده است. آقای دکتر محمدرضائی دارای مدرک دانشگاهی دکترای زبان و ادبیات عربی و رتبه علمی ایشان دانشیار است.
دفتر ریاست
این دفتر نقش هماهنگی برنامه‌های حوزه ریاست، مانند تشکیل جلسات و ارتباط متقابل مدیریت سازمان با دیگران را داراست.
مسئول دفتر حوزه ریاست: حسین جعفرپور